Ik heb je mp3tje even op CD gebrand en het hier uitgeprobeert (CDJ-1000MK2, June 2003). Als ik het eerste stuk op -5% afspeel met MT aan hoor ik veel minder verschil als na 26 seconden waar jij Master Tempo aan zet.
De track lijkt bij jouw ook veel langzamer te gaan dan -5%... En er zit een tempo wisseling in. Als je er bij meer nummers last van heb kun je ermee terug gaan.

Doe er dan wel een CD bij met de hele track erop en schrijf op welke functies aan staan, denk ook aan track en tijd info wanneer er iets gebeurt. Dan kunnen ze het in de werkplaats constateren en oplossen.
Maar zoals je zelf al aangeeft treed dit zelden op, ik zou het er dus maar op houden dat Master Tempo moeite heeft met sommige tonen. En zoals je zelf zegt: als je de pitch 0.05% verschuift is het weg...